Podle stránek WISE se počítá s přepracováním až 800 tun vyhořelého paliva ročně. Z toho se získávají některé prvky, především radioaktivní izotopy uranu a plutonia, které je možné přimíchávat do nového paliva pro speciální typy reaktorů. Jde o takzvané směsné palivo MOX.
Separované plutonium je však velmi snadno zneužitelné vojensky či teroristicky – k vytvoření jedné nálože je ho potřeba jen 5 kg, přičemž továrna v Rokkašo ho každoročně extrahuje 7 – 8 tun. Do roku 2020 ho tak má být v Japonsku uloženo až 100 tun. Kritici továrny se tedy obávají, jaký dopad bude mít produkce na jaderné zbrojení v jihovýchodní Asii.
Dalšími stinnými stránkami zpracování jaderného paliva jsou především vysoké náklady a značný stupeň znečištění životního prostředí. Každý den totiž továrna do moře vypustí miliony litrů kapalných radioaktivních odpadů.
