Pokud by vás zajímal opravdu odborná analýza zmíněného problému (v AN):

https://www.iucr.org/news/newsletter/etc/articles?issue=150473&result_138339_result_page=6

Moje osobní postřehy z výše uvedeného článku:

- autoři nedovolují metodu ověřit na jiných proteinech, než které byly použité v soutěži

- celý proces se snaží patentovat, zabránit volné aplikaci v praxi

- většinu zajímavých problémů (proteiny s více doménamy, metaloprotiorny, komplexu protein=lék) postup neřeší vůbec

Proč jste tenhle článek nenechali napsat odborníka ? To, že software vyřeší strukturu jednoho proteinu neznamená, že zvládne jiný. Řešení foldingu , pokud je známá struktura podobného proteinu je bežné. Pokud nic podobného není, je software v háji a stejně se to musí řešit experimentálně (X-ray difrakcí na monokrystalu).

Ok. Tak na vysvětlení pro toho kdo mi dal mínus:

- umělá inteligence vyřešila zřejmě strukturu strukturu proteinu , který někdo jiný vykrystalizoval a již vyřešil RTG difrakcí na monokrystalu. To znamená že protein se chová standardně - funguje na něj to co se AI naučila o podobných proteinech. To co by bylo opravdu zajímavé = řešit struktury nových proteinů, které špatně tvoří krystaly pro RTG strukturní analýzu to skoro vůbec neřeší ... Bez verifikace to může vyplodí ptákovinu.

- to co by bylo zajímavé zmiňuje kolega, zreplikovat proces foldingu. Jak vlastně molekula dospěje do výsledného tvaru. To v současné době lze provést na jednoduchých proteinech za cenu šíleného výpočetního výkonu metodami molekulární dynamiky. Mimochodem se využívá i výpočetní výkon grafických karet (řádově jinde než CPU). Tohle neuronové sítě naprosto neřeší ...

- Existuje i jiná soutěž. Predikce krystalové struktury (CSP blind test). V té se ukazuje, že nelze spolehlivě předpovědět ani řádově jednoduší chování molekul, než je folding proteinů. I když se nasadí superpočítače. Prostě aproximace při výpočtu (zejména problémy s výpočtem entropie) jsou tak velké, že to nefunguje. A že se o to hodně lidí snaží - praktická paliakce při patentové ochraně polymorfů léků. Že by existovala spolehlivá metoda jak předpovědět folding jakéhokoliv proteinu, bez nutnosti experimentální verifikace se z pohledu těchto zkušeností jeví naprosto nereálné.

Dotazy ?

Děkuji za zajímavý článek.

ALE

Zatímco „V nejbližší době se využití bude soustředit především přímo na biologii...“, doporučuji pánům redaktorům soustředit se na češtinu, najmě pak na dokonavost a nedokonavost sloves.

Nebylo by hezčí napsat "... v nejbližší době se využití (Alphabetu) soustředí především na biologii..." ?

Sloveso "soustredit se" na me pusobi nedokonave.

Priklad: Prisla jsem z oběda, krve v mozku se nedostava a na vas dotaz se budu soustredit (napnu sve dusevni sily) az po kavicce. Soustredim se na vas dotaz znamena, ze to delam prave ted

Přes BOINC mi tu jedou výpočty furt.

A nebylo by snadnejsi zkusit nahodne generovani?

Ja treba u vypoctu nejkratsi trasy mezi mesty pouzivam system nahodneho prohozeni. Vygeneruji treba 1000 nahodnych trast, kde s logikou nahodne prohodim 2 nebo 3 body, spocitam rozdil vzdalenosti pred, potom a lepsi kombinaci ponecham. Ne vzdy to vede k uplne nej vzdalenosti. U meho vzorku mest ji ani neznam :) Ale kolisani je zatim tak 2-3x od zatim nejlepsiho vysledku.

https://mlich.zam.slu.cz/js-obch-cest/js-obch-cest.htm

Ted tam mam treba limit 10s, naslo mi to 3348 km, top zatim nalezena je 3078 km, minimalni z tabulky je 1994. Odhadovana min je min+1/2min, cili kolem 3000, ale klidne by to mohlo byt 2800.(posledni radky nad tabulkou je soucet). Pri F5 se cislo zmeni z 3348 na 3242. Pokud to porovnam s odhadem 3348/3000 = 100% +11,6%.

To je taky celkem blizko a nepotreboval jsem na to superpocitac. Ale, cim vice vlaken, tim vice reseni by mohl zpracovat najednou.

Ano, najedit o 300 km s kamionem navic, jsou 3-4h navic a fura paliva. Ale mozna by slo ten system vyozit pro prvni odhady, ktere by nejaky sofistikovanejsi system omel zkombinovat nebo z nich vybral casti, ktere by po propojeni davali lepsi vysledek.

A Folding@home nebude mit co zrat!

na tomhle stroji budou všechny tvary molekul proteinů vykresleny a poskládány do 5 minut

https://cryptosvet.cz/kvantovy-prulom-nove-zarizeni-je-100-000-000-000-000x-rychlejsi/

Nebudou. Problém není ve výkonu, ale v algoritmu. Prostě se neví jak to správně spočítat. Všechno jsou aproximace s omezenou spolehlivostí.

Umelá inteligencia sa už "zmysluplne" využíva:

"...Automatická zbraň použitá pri útoku "sa jednoducho zamerala na tvár mučeníka Fachrízádeho, a to tak, že jeho manželku, ktorá bola vzdialená iba 25 centimetrov, nezasiahla ani guľka", dodal Fadaví. Uviedol, že fyzikovu tvár zasiahlo 13 striel.

Skryť

Útočné zariadenie bolo "ovládané online" prostredníctvom družice a na nájdenie svojho cieľa použilo "sofistikovanú kameru a umelú inteligenciu," pokračoval Fadaví...."

Ale tiež nie je neomylná( ! ):

"...Dodal, že veliteľ vedcovej ochranky dostal štyri zásahy, keď sa vrhol na Mohsena Fachrízádeho-Mahábádího, aby ho chránil...."

úžasný článek zajímalo by mě , jak je blízké použití AlphaFold v kvantových počítačích ...

:) ja by som skor povedal jak daleke.. samotne kvantove pocitace su este relativne daleko..

Možná by stálo za zmínku, že problém sbalování proteinů je tzv NP úplný problém, stejně jako např. problém obchodního cestujícího (tj. najít nejkratší cestu mezi N městy) - oba mají exponenciální náročnost vzhledem k N (počtu měst nebo velikosti proteinu). Na složitosti těchto problémů je založená i moderní kryptografie. Mj. pro řešení těchto problémů se vkládají naděje do tzv. kvantových počítačů. viz wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/NP-completeness

Kdyby to bylo tak jednoduché :-). Ono totiž základní problém je spíše jak poznat správný výsledek ... Dělá se to přes výpočet energie systému ... Ten výsledek co má nejmenší energii, tak je nejpravděpodobnější. Bohužel to je celé ještě složitější: 1) Proteiny existují za pokojové teploty a v roztoku - do energie se promíta jejich entropie, případně interkace s okolím (solvatace) 2) I kdyby jsme počítali energii za absolutní nuly a ve vaku, tak jí nedokážeme spočítat dostatečně přesně. Musela by se počítat přes kvantovou mechaniku a to je pro molekulu velikosti proteinu nad rámec výkonu počítače o veliksoti známého vesmíru :-). A výpočet by se musel dělat pro všechny navržené výsledky ...