Klávesové zkratky na tomto webu - základní­
Přeskočit hlavičku portálu


Přednáška: Z velkých dat lze v genetice i vypočítat diagnózu

  12:00aktualizováno  17:55
Síla Internetu věcí, desítek milionů vzájemně komunikujících zařízení, čidel a senzorů, spočívá především v možnosti analýzy posbíraných dat. Proč je to jeden z největších problémů, vysvětluje doktor Jan Kalina.

V nejrůznějších oblastech lidské činnosti se v posledních letech čím dál častěji setkáváme s obrovskými daty. Mezi příklady, které nás každodenně obklopují, patří sociální sítě, které o nás sbírají veškerá dostupná data, nebo věrnostní karty v samoobsluze, které vypovídají o složení nákupního košíků jednotlivých stálých zákazníků. Množství dat neustále přibývá, a to rychlejším tempem, než jsme schopni vůbec taková data analyzovat. Prezentace nejprve pojedná o příkladech oblastí, v nichž se setkáváme s velkými daty, avšak náš zájem se primárně týká statistického zpracování dat v oblasti molekulární genetiky.

RNDr. Jan Kalina, Ph.D.

Jan Kalina je vedoucím Oddělení medicínské informatiky a biostatistiky na Ústavu informatiky AV ČR. Mezi jeho odborné zájmy patří robustní statistické metody, které jsou spolehlivé i při kontaminaci dat výrazně odlehlými hodnotami, a redukce komplexity v mnohorozměrných datech.

V současné době řeší prestižní matematický projekt Neuron Impuls od Nadačního fondu Neuron na podporu vědy. Vede i několik diplomových prácí na MFF UK. Je členem České statistické společnosti, Mezinárodní společnosti pro klinickou biostatistiku a České lékařské společnosti Jana Evangelisty Purkyně.

Při molekulárně genetických studiích je obvyklé, že se měří genová aktivita (exprese) řádově desítek tisíc genů na pouhých desítkách pacientů. Cílem analýzy pak je například určit diagnózu nového jedince na základě porovnání jeho genových aktivit s naměřenými hodnotami u různých skupin pacientů.

Standardní statistické metody však trpí tzv. prokletím dimenzionality, to znamená, že je buď nelze rychle spočítat pro tak velké počty genů, anebo je nelze spočítat vůbec.

Rozcestník

Kde sledovat další přednášky?

Výrazně si zjednodušíme celou analýzu, pokud dokážeme nejprve najít malou sadu těch genů, které nejvíc přispívají k odlišení jednotlivých skupin pacientů. Pak stačí hledat pravidlo pro určení diagnózy právě jen na základě této malé skupiny genů. V prezentaci popíšeme naši nově navrženou statistickou metodu pro hledání malé sady významných genů, která je navíc dostatečně spolehlivá i v situaci, kdy jsou naměřené hodnoty zatížené výraznou chybou měření.

Autor:



Nejčtenější

Okamura má na fotce z posilovny přifouknuté svaly. Jak poznat fotomontáž

Ukázka nepovedené fotomontáže z posilovny. Mřížka v pozadí ukazuje, k jakému...

Předseda SPD se na svém oficiálním profilu na Facebooku pochlubil fotkami z posilovny. Komentátoři si všimli, že fotka...

V kanceláři i v obchodě. Ultrazvuk nám píská do uší, následky jen tušíme

Poslech vysokofrekvenčního pískání může být mnohým lidem nepříjemné.

Mnozí z nás, aniž by to věděli, jsou denně i několik hodin vystaveni pískotu na hranici slyšitelnosti lidského ucha. V...



Dvakrát přežil ohnivé peklo a vrátil se do boje. Chybu udělal po válce

František Truhlář před válkou

Letec RAF František Truhlář přežil dvě těžké havárie při návratech z bojových letů. Při obou utrpěl těžké popáleniny,...

Kvůli ruskému metru mohla padnout stanice v Nuselském mostu, řekl architekt

Architekt Nuselského mostu Stanislav Hubička (vlevo) a Antonín Semecký, který...

Stanislav Hubička, architekt Nuselského mostu a Antonín Semecký, který se o most stará téměř doslova celý život, byli...

Proč chtěl Hitler Svatý grál a archeologie za ČSSR nebyla marxistická

Svastika na archaické řecké keramice (8. století před Kr., Archeologické muzeum...

Jedním z oblíbených triků propagandy a propagandistů je návrat k mýtům a ohýbání historie do podoby, která politickému...



Další z rubriky

VÝZKUM: Kdo zemře a kdo bude žít? Pomozte naprogramovat samořídící auto

Chodci na silnici (ilustrační foto)

Auta bez řidiče budou muset nejen rozpoznávat dopravní situace nebo znát předpisy, ale v krajních případech také...

Hormonální hrozba v peněžence. Bisfenol proniká do těla i z účtenek

(Ilustrační snímek)

Podle nové vědecké studie může naše tělo v důsledku každodenního kontaktu s účtenkami vstřebávat mnohem větší množství...

Proč chtěl Hitler Svatý grál a archeologie za ČSSR nebyla marxistická

Svastika na archaické řecké keramice (8. století před Kr., Archeologické muzeum...

Jedním z oblíbených triků propagandy a propagandistů je návrat k mýtům a ohýbání historie do podoby, která politickému...



Najdete na iDNES.cz