Klávesové zkratky na tomto webu - základní­
Přeskočit hlavičku portálu


Přednáška: Z velkých dat lze v genetice i vypočítat diagnózu

  12:00aktualizováno  17:55
Síla Internetu věcí, desítek milionů vzájemně komunikujících zařízení, čidel a senzorů, spočívá především v možnosti analýzy posbíraných dat. Proč je to jeden z největších problémů, vysvětluje doktor Jan Kalina.

V nejrůznějších oblastech lidské činnosti se v posledních letech čím dál častěji setkáváme s obrovskými daty. Mezi příklady, které nás každodenně obklopují, patří sociální sítě, které o nás sbírají veškerá dostupná data, nebo věrnostní karty v samoobsluze, které vypovídají o složení nákupního košíků jednotlivých stálých zákazníků. Množství dat neustále přibývá, a to rychlejším tempem, než jsme schopni vůbec taková data analyzovat. Prezentace nejprve pojedná o příkladech oblastí, v nichž se setkáváme s velkými daty, avšak náš zájem se primárně týká statistického zpracování dat v oblasti molekulární genetiky.

RNDr. Jan Kalina, Ph.D.

Jan Kalina je vedoucím Oddělení medicínské informatiky a biostatistiky na Ústavu informatiky AV ČR. Mezi jeho odborné zájmy patří robustní statistické metody, které jsou spolehlivé i při kontaminaci dat výrazně odlehlými hodnotami, a redukce komplexity v mnohorozměrných datech.

V současné době řeší prestižní matematický projekt Neuron Impuls od Nadačního fondu Neuron na podporu vědy. Vede i několik diplomových prácí na MFF UK. Je členem České statistické společnosti, Mezinárodní společnosti pro klinickou biostatistiku a České lékařské společnosti Jana Evangelisty Purkyně.

Při molekulárně genetických studiích je obvyklé, že se měří genová aktivita (exprese) řádově desítek tisíc genů na pouhých desítkách pacientů. Cílem analýzy pak je například určit diagnózu nového jedince na základě porovnání jeho genových aktivit s naměřenými hodnotami u různých skupin pacientů.

Standardní statistické metody však trpí tzv. prokletím dimenzionality, to znamená, že je buď nelze rychle spočítat pro tak velké počty genů, anebo je nelze spočítat vůbec.

Rozcestník

Kde sledovat další přednášky?

Výrazně si zjednodušíme celou analýzu, pokud dokážeme nejprve najít malou sadu těch genů, které nejvíc přispívají k odlišení jednotlivých skupin pacientů. Pak stačí hledat pravidlo pro určení diagnózy právě jen na základě této malé skupiny genů. V prezentaci popíšeme naši nově navrženou statistickou metodu pro hledání malé sady významných genů, která je navíc dostatečně spolehlivá i v situaci, kdy jsou naměřené hodnoty zatížené výraznou chybou měření.

Autor:


Nejčtenější

Vědci objevili pod zemí biliardy tun diamantů, ale nedostaneme se k nim

Diamanty značky Diamonds International Corporation

V litosférickém podloží Země odhadují vědci tisíce bilionů tun diamantů. Zaměřili ho pomocí zvukových vln. Dodávají...

Stíhačka Su-57 je podle některých ruských médií drahá a zbytečná hračka

Su-57

Ruské letectvo nenakoupí stíhačky páté generace Su-57, uvedl Vladimír Guteněv, člen expertní rady Státní dumy pro...



Má hořet půl století jako františek. Jaký reaktor si přeje Bill Gates

Schéma reaktoru TWR-P s tepelným výkonem 600 MW, který by TerraPower měla...

Společnost TerraPower, v jejíž správní radě sedí zakladatel Microsoftu, se konečně přiblížila možnosti stavby reaktoru,...

Atomový řezník připravoval v SSSR půdu civilním proudovým strojům

Iljušin Il-28

Mezi významné bojové letouny studené války patří taktický bombardér Iljušin Il-28. Ten se stal prvním sovětským...

Slyšíte obraz? Vyzkoušejte si, zda jste jedním ze čtyř lidí

Máte pocit, že něco slyšíte při sledování GIFů?

Se vzrůstající oblibou GIFů si čím dál více lidí na sobě všímá zvláštního jevu: při pozorování tichého obrázku mají...

Další z rubriky

Vepřové by mohlo zlevnit. Vědci u prasat porazili nejdražší nemoc

LETNÍ JÍZDA: Přeštické prase, Kostelec nad Orlicí, Výzkumný ústav živočišné...

Ve Skotsku se zrodili vepři odolní proti zřejmě nejdražší nemoci těchto hospodářských zvířat. A stačila jedna malá...

Po thajském neúspěchu chce Musk vyčistit vodu v americkém městě

Americký miliardář Elon Musk

Americký miliardář Elon Musk slíbil lidem amerického města Flint, že se postará o čistou vodu. Tamní obyvatele už roky...

Jak se největší dinosauři vydali na cestu k velikosti

Rekonstrukce vzezření druhu Ingentia prima i s poodhaleným pohledem na jeho...

Nové objevy ukazují, že největší dinosauři se ke gigantismu dopracovali jinak, než paleontologové předpokládali.

Najdete na iDNES.cz