Klávesové zkratky na tomto webu - základní­
Přeskočit hlavičku portálu


Přednáška: Z velkých dat lze v genetice i vypočítat diagnózu

  12:00aktualizováno  17:55
Síla Internetu věcí, desítek milionů vzájemně komunikujících zařízení, čidel a senzorů, spočívá především v možnosti analýzy posbíraných dat. Proč je to jeden z největších problémů, vysvětluje doktor Jan Kalina.

V nejrůznějších oblastech lidské činnosti se v posledních letech čím dál častěji setkáváme s obrovskými daty. Mezi příklady, které nás každodenně obklopují, patří sociální sítě, které o nás sbírají veškerá dostupná data, nebo věrnostní karty v samoobsluze, které vypovídají o složení nákupního košíků jednotlivých stálých zákazníků. Množství dat neustále přibývá, a to rychlejším tempem, než jsme schopni vůbec taková data analyzovat. Prezentace nejprve pojedná o příkladech oblastí, v nichž se setkáváme s velkými daty, avšak náš zájem se primárně týká statistického zpracování dat v oblasti molekulární genetiky.

RNDr. Jan Kalina, Ph.D.

Jan Kalina je vedoucím Oddělení medicínské informatiky a biostatistiky na Ústavu informatiky AV ČR. Mezi jeho odborné zájmy patří robustní statistické metody, které jsou spolehlivé i při kontaminaci dat výrazně odlehlými hodnotami, a redukce komplexity v mnohorozměrných datech.

V současné době řeší prestižní matematický projekt Neuron Impuls od Nadačního fondu Neuron na podporu vědy. Vede i několik diplomových prácí na MFF UK. Je členem České statistické společnosti, Mezinárodní společnosti pro klinickou biostatistiku a České lékařské společnosti Jana Evangelisty Purkyně.

Při molekulárně genetických studiích je obvyklé, že se měří genová aktivita (exprese) řádově desítek tisíc genů na pouhých desítkách pacientů. Cílem analýzy pak je například určit diagnózu nového jedince na základě porovnání jeho genových aktivit s naměřenými hodnotami u různých skupin pacientů.

Standardní statistické metody však trpí tzv. prokletím dimenzionality, to znamená, že je buď nelze rychle spočítat pro tak velké počty genů, anebo je nelze spočítat vůbec.

Rozcestník

Kde sledovat další přednášky?

Výrazně si zjednodušíme celou analýzu, pokud dokážeme nejprve najít malou sadu těch genů, které nejvíc přispívají k odlišení jednotlivých skupin pacientů. Pak stačí hledat pravidlo pro určení diagnózy právě jen na základě této malé skupiny genů. V prezentaci popíšeme naši nově navrženou statistickou metodu pro hledání malé sady významných genů, která je navíc dostatečně spolehlivá i v situaci, kdy jsou naměřené hodnoty zatížené výraznou chybou měření.

Autor:



Nejčtenější

Nejšťastnější americká stíhačka. Pilot ji opustil, a tak přistála sama

Convair F-106A Delta Dart

Před téměř půlstoletím se stal v americké Montaně zázrak. Z nebe se snesl na pšeničné pole proudový letoun, který byl...

Nejvtipnější chyby z českého hitu Kingdom Come: Deliverance

Kingdom Come: Deliverance

Kingdom Come je obrovská a propracovaná hra, ale její autory čeká ještě spousta práce při odlaďování mnoha chyb, které...



Prohledejte půl miliardy uniklých hesel. Najdete tam i to svoje?

Ilustrační foto

Úniků dat, často velmi citlivých, stále přibývá. O spoustě z nich se ani nemusíme dozvědět. Kromě e-mailových adres...

Vyfotil jeden jediný atom. Stačil běžný foťák a složitá past

Snímek zachycující jediný atom stroncia v tzv. iontové pasti. Atom je uprostřed...

Atomy jsou pouhým okem neviditelné, to víme všichni. Ale pokud je správně nasvítíte a připravíte pro ně vhodné...

Internet levně a rychle. SpaceX načíná další „megalomanský“ projekt

Falcon 9 připravený pro misi Paz. Všimněte si nového aerodynamického krytu...

Na oběžnou dráhu dnes odstartovala další raketa firmy SpaceX. Tentokrát na palubě ponese mimo jiné i dva experimentální...

Další z rubriky

Šťastné manželství prodlužuje život. Vědci hledají tajemství romantiky

Vědci zkoumají, jak si udržet dlouhodobý a spokojený vztah. (ilustrační foto)

Trvalý vztah má ohromný vliv na naše štěstí a dokonce i na naše zdraví. Vědci dokonce zjišťují, že šťastné manželství...

Vidíte to jinak než ostatní? Optické iluze, které nás rozdělují

Co vidíte na obrázku?

Věříte vlastním očím? Nezapomínejte, že to, co vidíte, není jen výsledkem senzorických vjemů, ale především...

Nejstarší popsané setkání Evropy s dinosauřími fosiliemi patří do antiky

Paleodictyon je poměrně hojná ichnofosilie, představující zřejmě zkamenělý...

V období „předvědecké“ paleontologie se lidé zcela běžně setkávali se zkamenělinami pravěkých organismů, ale neměli...

Chystáte se na hory?
Chystáte se na hory?

Pořiďte zímní výbavu rychle a levně. V našem bazárku najdete vše, co potřebujete na zimní radovánky.

Najdete na iDNES.cz